هیات های امنا بر اساس قانون پنجم توسعه کشور بالاترین مقام و رکن تصمیم گیری دانشگاه ها می باشند و نقش قانونگذاردر سابر دستگاه های دولتی را برعهده دارند. دانشگاه ها بموجب قانون اخیر از شمول کلیه قوانین حاکم بر ادارات دولتی مستثنی هستند و تنها مرجع تصمیم گیری و نظارتی بر دانشگاه ها هیات های امنا می باشند و از این جهت اهمیت زیادی دارند بگونه ای که مصوبات آنها حتی تحت نظارت شورای نگهبان قرار نمی گیرد در حالی که مصوبات مجلس شورای اسلامی تا زمانی که به تایید شورای نگهبان نرسد اعتباری ندارد. دلیل این امر آن است که قانون گذار فرض کرده است اعضای هیات امنا که عموما عضو هیات علمی دانشگاه ها می باشند انسان هایی متخصص و فرهیخته بوده که می توانند بدون دخالت نهادهای دیگر در مورد مسایل خود تصمیم بگیرند. ترکیب هیات امنا را وزیر، ریس موسسه، ۴ تا۶تن از شخصیت های علمی وفرهنگی و یا اجتماعی محلی وکشوری که نقش موثری در توسعه و پیشرفت موسسه مربوط داشته باشند و نماینده وزیربرنامه وبودجه تشکیل می دهند. حداقل دوتن از شخصیت های علمی باید از اعضای هیات علمی دانشگاهها باشند. ریاست هیات امناء موسسه به عهده وزیر علوم، تحقیقات و فناوری خواهد بود. دبیر هیات امناء رئیس موسسه مربوط خواهد بود. از وظایف و اختیارات هیات امناء می توان به تصویب آیین نامه داخلی، تصویب سازمان اداری موسسه بر اساس ضوابطی که به پیشنهاد وزارتخانه های مربوط با هماهنگی سازمان امور اداری واستخدامی به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی خواهد رسید، بررسی وتصویب بودجه موسسه که از طرف ریئس موسسه پیشنهاد می شود. تصویب بودجه تفصیلی موسسه ، تصویب حساب ها و ترازنامه سالانه موسسه، تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن، تعیین حسابرس وخزانه داربرای موسسه، کوشش برای جلب کمکهای بخش خصوصی و عواید محلی اعم ازنقدی تجهیزاتی، ساختمانی، با رعایت ضوابت مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی، تصویب آیین نامه های مالی ومعاملاتی که بر حسب مورد پس از تایید وزارتخانه علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجرا می باشد. تعیین نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی،کارگاهی و بهداشت ودرمانی موسسه در چهارچوب ضوابطی که به تصویب هیات وزیران خواهد رسید. تعیین میزان پرداخت حق التحقیق ،حق التدریس، حق الترجمه، حق التالیف و نظایر آن. بررسی گزارش موسسه که از طرف رییس موسسه ارائه می شود. تصویب مقررات استخدامی اعضای هیات علمی موسسه که به منظور هماهنگی پس از تائید وزارتخانه مزبور قابل اجرا خواهد بود را می توان ذکر کرد.

جلسات عادی هیات امنا حداقل ۲ بار در سال و جلسات فوق العاده در موارد ضروری، بنا به تقاضای حداقل دو تن از اعضا و موافقت رئیس هیات امنا تشکیل می شود.

صورتجلسه توسط رئیس هیات امنا جهت اجرا ابلاغ می گردد و آئین نامه ها و مقررات مفاد. بند ب ماده ۲۰ قانون برنامه پنجم توسعه، پس از تایید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای اجرا ابلاغ می گردد.